Almarhum Sultan Abu Bakar merupakan seorang yang sangat mengambil berat tentang aspek pakaian, malah baginda sendiri dikatakan seorang yang amat mengutamakan dan mengambil berat cara berpakaian mengikut kesesuaian masa dan tempat. Walaupun Temenggong Johor berketurunan Bugis dan mempunyai pakaian istiadat Temenggong, namun Sultan-sultan Johor tidak mencontohi atau memakai pakaian istiadat Melayu seperti raja-raja negeri Melayu yang lain.
Almarhum Sultan Abu Bakar amat terpengaruh dengan budaya Inggeris, Eropah dan Turki. Baginda membawa balik dari England dan Turki perubahan dan reformasi, bukan sahaja dalam pengurusan kerajaan, bahkan juga cara berpakaian istana dan pakaian rakyat baginda. Baginda gemar memakai pakaian Barat, iaitu dengan mencampurkan kombinasi pakaian Timur dan Barat, iaitu mengandungi tunik berkolar tinggi, berbelah di hadapan dan berkocek satu atau tiga. Labuhnya hingga ke paras punggung dan berlengan panjang. Tunik dan seluar pantalun adalah ciri Barat, manakala turban pula merupakan pengaruh daripada budaya Turki. Baju tunik bertutup leher mirip potongan kolar baju Melayu cekak musang, iaitu kolar tinggi dan lidah beralas di bahagian leher. Pakaian ini dihiasi dengan butang berwarna emas, dan terdapat butang pada baju lengan panjang. Pakaian ini disempurnakan dengan songkok baldu hitam dan kain samping berdagang dalam. Baginda memakai pakaian Barat khasnya apabila berangkat keluar negara.Baginda berhasrat agar perubahan dan penerapan budaya Barat dan budaya Islam dari Turki dapat menjadikan Johor negeri yang moden Sehingga kini pakaian istiadat bagi Sultan Johor adalah adunan pakaian Barat, Turki dan Melayu.
Pakaian harian Almarhum Sultan Abu Bakar ialah pakaian cara Bugis, iaitu pantalun atau seluar panjang dan baju Melayu Telok Belanga lain warna dengan leher cekak musang dan kain samping daripada jenis sutera atau kain benang dipakai secara berdagang luar. Pada peringkat awal, baginda memakai turban mencontohi pakaian orang Turki dan kemudian mmenggantikannya kepada songkok baldu hitam.
Selain daripada itu, pakaian istiadat raja juga menyerlahkan ciri-ciri ketenteraan yang menggunakan pakaian Askar Timbalan Setia Negeri. Sultan Johor suka memilih dan memakai pakaian istiadat dan harian potongan uniform askar. Johor merupakan negeri pertama yang menubuhkan pasukan askar pada tahun 1886, iaitu Askar Timbalan Setia Negeri (ATSN). Almarhum Sultan Ibrahim, Kolonel komandan Askar Timbalan Setia Negeri dan Mejar Jeneral (Kehormat) Tentera British, baginda sering kali bergambar dengan memakai uniform tentera darat British. Rupa bentuk pakaian istiadat uniform askar diteruskan oleh Almarhum Sultan Ismail dan Almarhum Sultan Iskandar sebagai Kolonel Komandan ATSN serta Tunku Mahkota Tunku Ismail sebagai Pegawai Pemerintah ATSN dalam istiadat diraja.Duli Yang Maha Mulia Sultan Ibrahim sekarang memakai uniform istiadat ATSN berwarna biru tua, iaitu dengan potongan dan warna uniform yang pernah dipakai oleh Almarhum Sultan Ibrahim.
Dalam majlis separuh rasmi, Sultan dan Tunku Mahkota memakai uniform harian ATSN atau baju Melayu Telok Belanga berleher sulaman tulang belut secara Bugis, iaitu berdagang luar dan seluar yang berlainan warna. Sultan Ibrahim Ibni Almarhum Sultan Iskandar, yang memerintah Johor kini, memakai baju Melayu Bugis, iaitu berdagang dalam, sama seperti yang dipakai oleh Almarhum Sultan Abu Bakar.Dalam majlis tidak rasmi, khasnya yang berkaitan agama, kerabat diraja lelaki memakai baju Melayu Telok Belanga secara Bugis dan berdagang luar.
Sultan Abu Bakar mempelopori penciptaan dan pemakaian pakaian baju Melayu Telok Belanga semasa baginda bersemayam di Telok Belanga. Baju ini merupakan pakaian yang luas dan selesa dipakai di negara yang beriklim panas. Baju lelaki ditetapkan labuhnya hingga ke bawah punggung, dengan leher berlapik lebar dengan jahitan "mata kia atau tulang peranggi" dan berkocek dua. Almarhum Sultan Ibrahim kemudiannya meminda dan mengubah reka bentuk baju Melayu Telok Belanga dengan leher baju lelaki disulam secara halus tulang belut dengan dua lubang butang kecil. Baginda menambah satu kocek kecil di dada bagi baju lelaki dan wanita. Pada 8 Julai 1982, Almarhum Sultan Iskandar kemudiannya menentukan hanya baju Melayu Telok Belanga berleher sulaman tulang belut dengan kain samping songket berdagang luar sahaja dijadikan pakaian rasmi bagi lelaki Melayu di istana. Baginda juga bertitah bagi dif wanita Melayu hendaklah memakai baju kurung Telok Belanga yang bercorak pelbagai warna, kain sutera berbenang emas dan bertelepuk atau bersulam, bersepatu atau berkasut.
Pakaian larangan yang disebutkan dalam Percanangan Dalam merujuk kepada baju, seluar dan kain sutera putih atau kuning sedondon, pakaian berwarna putih dengan kuning, atau putih dengan biru, dan pakaian warna kuning kunyit gelik sekalipun daripada benang. Warna putih, biru dan kuning dinyatakan sebagai warna larangan. Putih dan biru adalah warna raja yang memerintah, dan kuning warna kerabat diraja.
Pada 26 Mac 1986, Almarhum Sultan Iskandar bertitah bagi dif wanita bukan Melayu hendaklah memakai baju kurung moden atau baju kurung Telok Belanga. Mulai 10 Oktober 1999, semua dif wanita dikehendaki memakai tudung kepala. Perubahan dalam cara pemakaian ini membuktikan keprihatinan baginda mengekalkan elemen tradisi Melayu dalam menghormati majlis. Pada 1 Februari 2010, Duli Yang Maha Mulia Sultan Ibrahim bertitah dif wanita bukan Melayu dibenarkan memakai pakaian hormat kebangsaan masing-masing tanpa bertudung kepala. Warna larangan tidak lagi dikuatkuasakan. Cara berpakaian ini memberi keselesaan kepada dif wanita. Walaupun protokol istana menetapkan dif yang menghadiri majlis atau istiadat diraja hendaklah mematuhi peraturan pakaian yang ditentukan, namun demikian bagi kalangan dif warga asing mereka diberi kelonggaran, iaitu dibenarkan memakai pakaian hormat kebangsaan masing-masing. Kelonggaran yang serupa diberikan kepada dif yang mengiringi raja-raja Melayu negeri lain memakai pakaian istiadat negeri masing masing, dengan syarat memaklumkan lebih awal dan menerima kelulusan dari istana Johor. Kelonggaran ini mencerminkan keprihatinan istana terhadap keselesaan kalangan dif yang menghadiri istiadat diraja.
Almarhum Sultan Iskandar bertitah pada 28 Mac 1986, dif bagi kaum lelaki bukan Melayu hendaklah memakai songkok hitam ketika menghadiri istiadat diraja. Sementara, kaum lelaki berbangsa Sikh dibenarkan memakai turban warna gelap atau hitam. Etika bagi pakaian Barat hendaklah dipatuhi supaya dif tidak berasa janggal. Jika memakai sut berbres tunggal hanya butang atas sahaja dikancingkan. Jika sut ini mempunyai tiga butang, hanya butang di tengah sahaja yang dikancingkan.Jika memakai sut berbres dubel, hanya butang atas di sebelah luar dikancingkan. Jaket sukan, blazer dan seluar jeans tidak boleh dipakai semasa mengadap raja. Tanda nama bagi pegawai kerajaan juga tidak dipakai. Pen atau cermin mata tidak sesuai diletak di dalam kocek atas sut atau baju Melayu. Songkok hendaklah dipakai sepanjang masa, semasa berada di dalam istana dan majlis berlangsung. Pakaian Barat sebagai pakaian rasmi kaum lelaki mengadap raja pada masa ini berupa sut berwarna gelap diperbuat daripada warna dan kain yang sama, kemeja putih lengan panjang, bertali leher warna gelap, bersepatu, berstoking hitam, dan bersongkok baldu hitam yang tidak bertekat atau berlapik. Pada tahun 2010, DYMM Sultan Ibrahim bertitah dif lelaki lain bangsa perlu memakai songkok hitam apabila mengadap Baginda di dalam istana, dan tidak perlu memakainya jika majlis diadakan di luar istana.